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公司在上海崇明、金山及湖北武漢均建有育種基地，核心種豬群規模達 6000 頭。2011年和2013年分別從加拿大托佩克國際有限公司、法國 NUCLEUS S.A.S 引進優質大白、長白原種豬群，在上海崇明島建立了新農首個原種豬場。2018年引進 CG 杜洛克原種豬群，建立金山育種基地。2020年在建成投產武漢新洲育種基地，引入丹系大白與長白原種豬，組建丹系種豬核心育種群，豬群規模達 2000 頭。2021年引入上海本土品種楓涇豬，并獲得上海市科技興農項目立項支持，進行楓涇豬保種及優質豬肉新品種培育等相關工作。

公司董事長楊瑞生先生十分重視育種工作，自2011年起將育種能力定位公司三大核心能力之一。在育種方面與中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所建立長期產學研合作，在常規選育基礎上，增加健仔數進行選育，并持續獲得每年 0.1 -  0.2 頭健仔數提升的進展。

在疾病凈化、飼料營養等方面先后與華中農業大學、農科院上海獸醫研究所、上海市農科院等院校建立長期合作，先后獲得動物疫病凈化創建場、“無疫小區”等稱號。

在育種技術方面，除了采用傳統的常規育種技術，2017年加入國家全基因組選擇技術單位，2018年開始對大白、長白和杜洛克全面采用基因組選育技術，建立了全性狀基因組選擇參考群 3856 頭，并且自主開發了基因 SSGBLUP 的基因組指數自動計算平臺，根據芯片結果定期更新基因組指數。

 在育種硬件與軟件方面，公司配備了先進的種豬測定設備，擁有背膘測定儀器，奧斯本籠秤、全自動測定設備等，并先后采用了 Herdsman 育種軟件、KFNets 育種軟件結合公司自主研發的新農+數據管理平臺、基因組指數自動計算平臺等，為育種工作順利進行提供保障。